Cấu trúc của phân tử mangan heptoxit bao gồm một cặp tứ diện có chung một đỉnh. Các đỉnh được chiếm bởi các nguyên tử oxy và tại trung tâm của tứ diện là trung tâm Mn(VII). Kết nối được biểu thị bằng công thức O 3 Mn − O − MnO 3 {\displaystyle {\ce {O3Mn - O - MnO3}}} . Khoảng cách đầu cuối M n − O {\displaystyle Mn-O} là 1,585 Å và oxy cầu nối là 1,77 Å so với hai nguyên tử Mn. Góc Mn − O − Mn {\displaystyle {\ce {Mn-O-Mn}}} là 120,7°.

Pyrosunfat, pyrophotphat và đicromat có cấu trúc tương tự như cấu trúc của Mn 2 O 7 {\displaystyle {\ce {Mn2O7}}} . Có lẽ các loài nhóm chính tương tự nhất là Cl 2 O 7 {\displaystyle {\ce {Cl2O7}}} , dichlor heptoxit. Tập trung vào so sánh trong loạt kim loại chuyển tiếp, Tc 2 O 7 {\displaystyle {\ce {Tc2O7}}} và Mn 2 O 7 {\displaystyle {\ce {Mn2O7}}} có cấu trúc tương tự nhau nhưng góc T c − O − T c {\displaystyle Tc-O-Tc} là 180°. Rheni heptoxit, Re 2 O 7 {\displaystyle {\ce {Re2O7}}} trong pha rắn không phải là phân tử mà bao gồm các trung tâm Re liên kết ngang với cả hai vị trí tứ diện và bát diện; trong pha hơi, nó là phân tử có cấu trúc tương tự Tc 2 O 7 {\displaystyle {\ce {Tc2O7}}} .